VLC detecta los subtítulos automáticamente al reproducir un video, sin embargo en la versión de los paquetes de Ubuntu Hardy esta funcionalidad falla. Este bug está detectado: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/vlc/+bug/190188 y a la fecha, pese a actualizaciones recientes del paquete VLC, este problema no ha sido solucionado.

El problema obedece a una configuración de las rutas, las cuales aparecen configuradas como URLs y esto parece dar alguna incompatibilidad a la hora de detectar las rutas para la carga automática de los archivos de subtítulos. Una solución es modificar directamente el archivo /usr/share/applications/vlc.desktop, donde se encuentra dicha configuración, y reemplazar la línea:

Exec=vlc %U

por

Exec=vlc %F

Con esta modificación el problema queda solucionado, sin embargo la próxima vez que se actualice el paquete vlc posiblemente será necesario volver a realizar los ajustes manuales, a menos que el bug ya venga resuelto con dicha actualización.